在冷卻塔中使用殺菌劑的另一個非常重要的原因是防止軍團(tuán)菌的生長，包括導(dǎo)致軍團(tuán)病或軍團(tuán)病的物種，*顯著的是嗜肺L.肺炎桿菌、[24]或鳥分枝桿菌。軍團(tuán)菌是軍團(tuán)病在人群中傳播的主要原因。軍團(tuán)病的傳播主要是通過吸入含有軍團(tuán)菌的霧滴而傳播的。軍團(tuán)菌的常見來源包括用于開放循環(huán)蒸發(fā)冷卻水系統(tǒng)的冷卻塔、家庭熱水系統(tǒng)、噴泉和類似的公共供水系統(tǒng)的傳播者。自然資源包括淡水池塘和小溪

法國研究人員發(fā)現(xiàn)，軍團(tuán)菌從法國加萊帕斯的一家石化工廠的一個受污染的大型冷卻塔中通過空氣傳播了6公里(3.7英里)。那次疫情導(dǎo)致86名經(jīng)實驗室確認(rèn)感染的患者中的21人死亡

漂(或風(fēng))是指工藝流程中的水滴在冷卻塔排放時允許逸出。漂移消除器是用來保持漂移率通常為0.001-0.005%的循環(huán)流量。一個典型的漂移消除器提供了多個方向的氣流變化，以防止水滴逸出。一個設(shè)計良好和安裝良好的漂移消除器可以大大減少水的損失和潛在的軍團(tuán)菌或水處理化學(xué)品暴露。

CDC不建議衛(wèi)生保健機(jī)構(gòu)定期檢測嗜肺軍團(tuán)菌。軍團(tuán)菌的定期微生物監(jiān)測仍然存在爭議，因為它的存在并不一定是潛在致病的證據(jù)。美國疾病控制與預(yù)防中心建議對已知傳播軍團(tuán)菌的設(shè)備采取積極的消毒措施，但不建議對這種細(xì)菌進(jìn)行定期的微生物檢測。但是，在軍團(tuán)菌感染(例如造血干細(xì)胞移植單位或?qū)嶓w器官移植單位)極易導(dǎo)致疾病和死亡的某些情況下，可以考慮對醫(yī)院內(nèi)飲用水進(jìn)行定期監(jiān)測。此外，在軍團(tuán)病爆發(fā)后，衛(wèi)生官員同意有必要進(jìn)行監(jiān)測，以確定傳染源并評估殺微生物劑或其他預(yù)防措施的有效性

研究發(fā)現(xiàn)，40%到60%的冷卻塔存在軍團(tuán)菌.